질문1) 이번에 연구개발비 세액공제를 처음 집계하게 됐는데요. 연구전담 연구원의 4대보험 항목 중에서 회사가 부담하는 부분도 연구개발비로 세액공제 대상이 되나요.
국세상담원 : 조세특례제한법 시행령이 정하는 전담부서에서 근무하는 '연구요원의 인건비'는 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 소득세법에서 정하는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당하는 것으로 판단됩니다.
따라서 소득세법에서 열거하는 비과세 근로소득 중 국민건강보험법, 고용보험법, 노인장기요양보험법, 국민연금법에 따라 사용자가 부담하는 보험료 상당액도 연구요원의 인건비로 보는 것이 타당합니다. 그러나 산재보험료의 사용자부담금은 세액공제 대상 연구요원의 인건비에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다.
연구원의 인건비 중 비과세 근로소득 규모에 해당하는 자가운전보조금, 식대, 연구보조비수당 등도 공제대상 인건비에 해당하겠습니다.
질문2) 연구개발전담부서 인증을 작년에 받았는데요. 올해분 법인세 신고부터 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 있나요.
국세상담원 : 연구개발 전담부서로 적법하게 신고되기 전에 발생한 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 않는 것인데요. 인증받은 날을 기준으로 이후에 발생하는 비용이 법에서 정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용이라면 올해 법인세 신고부터 적용이 되는 것으로 판단됩니다.
질문3) 개인회사로 제조업과 도소매업을을 하는데요. 연구개발전담부서인증서를 한국산업기술진흥협회로부터 발급받았습니다. 대표는 아버지이고, 아들은 연구전담부서 연구원으로 근무하는데, 아들도 인증서상 연구원으로 등재돼 있습니다. 이렇게 특수관계가 있더라도 공제가 되는 것이 맞는지요.
국세상담원 : 개인사업자의 연구전담부서에서 근무하는 연구원이 자녀로서 특수관계인에 해당하더라도 연구인력개발비 세액공제 요건을 충족한다면 연구인력 개발비 세액공제를 적용받을 수 있습니다.
질문4) 대표자가 연구전담부서의 연구원인 경우에도 연구개발인력 세액공제를 받을 수 있나요.
국세상담원 : 연구인력개발비 세액공제를 받는 연구소나 연구전담부서의 연구원은 연구업무에만 전임해 종사하는자로 정하고 있습니다. 재무업무 및 영업업무 등 법인의 경영을 총괄하는 대표자는 연구업무에만 전임하는 것으로 보기 어려워 공제대상에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다. 또한 연구업무에만 전임해 종사하더라도 주주인 임원으로서 총발행주식 10% 초과소유자 등은 공제대상에서 제외됩니다.
질문5) 연구원이지만 제품 홍보행사에 일손이 부족해 참여했고, 회사 홍보자료 제작 등의 업무도 일부 수행했다면 인건비의 공제를 받을 수 없는 것인가요.
국세상담원 : 제품의 홍보 등은 비연구활동으로 해당 활동을 하는 동안에는 연구전담요원이 아니기 때문에 연구인력개발에 따른 인건비를 인정받지 못합니다.
※국세상담사례는 세무공무원이 관련 법령과 해석사례를 바탕으로 안내하는 것으로 질문자의 실제사례와는 맞지 않을 수 있습니다. 실무에서는 반드시 현행 법령의 내용을 확인하고, 책임 있는 세무사 등 전문가와 상담하시기 바랍니다.
