국세청이 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 '사전심사'를 적극 권유하고 있다.
기업들이 R&D 세액공제를 받기 위해서는 관련 인력구성이나 비용지출 등이 요건에 맞아야 하는데, 그 요건이 매우 까다롭다. 일부 기업들은 세액공제를 받았다가 요건규정을 어겨 공제받은 세금을 다시 토해내기도 한다.
특히 R&D 세액공제는 납세자인 기업과 국세청 간의 적정여부에 대한 이견이 많아 세무조사가 진행되기도 한다.
문제는 이렇게 공제를 잘 못 받은 경우, 감면받은 세금뿐만 아니라 가산세까지 물어야 한다는 것이다.
이에 따라 국세청은 2020년부터 이런 추징사례를 예방하기 위해 미리 심사를 통해 세액공제대상을 판단해 주는 사전심사제도를 운영중이다.
기업들이 국세청 사전심사를 받고, 그 결과에 따라 세액공제를 신청하게 되면, 이후에 국세청이 신고내용 확인이나 사후관리를 하지 않는다. 또 심사결과와 다르게 과세처분이 되더라도 가산세를 면제받을 수 있다.
현재 생각보다 많은 기업들이 사전심사를 활용하고 있다. 2020년 시행 첫 해 1547건, 2021년 2332건, 2022년 2439건이 처리됐다.
사전심사는 연중 상시로 신청할 수 있고, 법인세 신고기한 전까지 통지를 받으면 그 즉시 신고내용에 반영된다.
법인세 신고 후에 신청하는 경우에는 세액공제 누락분에 대해 경정청구나 수정신고 할 수 있다.
사전심사 대상에는 이미 지출한 R&D비용 뿐만 아니라 미래에 지출할 비용과 일부 연구과제도 포함할 수 있다.
국세청 관계자는 "R&D 비용이 확정되지 않더라도 활동여부나 기술검토만으로 심사를 신청할 수 있다"며 "국세청이 심사 진행과정을 단계별로 충분히 설명하고, 세무컨설팅도 제공하기 때문에 관련 기업들이 적극적으로 활용하면 좋겠다"고 설명했다.
