중소기업들이 인력운영의 문제로 연구인력개발세액공제를 챙기지 못하고 있다.
연구개발인력의 인건비는 일정비율(일반 연구인력개발비의 25%)의 세액공제를 지원하고 있지만, 공제대상이 되는 연구인력은 오로지 연구개발만을 전담해야 한다는 제한규정이 엄격하게 적용되고 있기 때문이다.
연구전담인력이 연구 외에 소소한 일반행정업무라도 겸업한 사실이 확인되는 경우 공제받은 법인세액은 물론 가산세까지 추징당하게 된다.
실제로 인력운영이 어려운 중소기업들이 연구인력개발비 세액공제와 관련해 세금을 공제받았다가 다시 추징당하는 사례가 적지 않다.
중소기업중앙회에 따르면 중소기업들이 연구인력개발비(R&D) 세액공제를 환수당한 가장 큰 원인은 '연구요원의 겸직'이다.
중소기업중앙회 관계자는 "현행 제도상 연구전담인력은 연구 외 기타업무를 수행할 수 없다. 하지만 만성적인 인력부족을 겪고 있는 중소기업들은 인원이 적어서 영업지원이나 일반사무 등의 직무를 겸해서 수행하는 것이 불가피한 상황이다보니 세액공제를 받았다가 다시 추징당하는 사례가 적지 않다"고 말했다.
국세청이 사전심사 하지만, 인력은 현실문제
연구인력개발비 세액공제를 받고 있는 중소기업은 2018년 2만8800개에서 2019년 3만2700개, 2020년에는 3만6000개까지 증가했다.
연구인력개발비 세액공제를 받는 기업들도 많고, 규정을 어겨 다시 토해 내는 기업들도 적지 않다보니 국세청이 사전에 컨설팅을 해주는 제도도 만들어졌다. 연구인력개발비 세액공제 사전심사제도다.
사전심사제도는 기업이 신청하면 세액공제가 적정한지를 미리 확인해서 적정한 것만 세액공제를 신청하도록 유도한다.
연구개발인력의 활동 여부, 공제 대상의 범위 등에 대해 기업과 국세청간의 분쟁이 적지 않으니 사전에 분쟁대상을 걸러내겠다는 취지다.
하지만 사전심사제도가 도입된 2020년 이후에도 여전히 공제세액을 추징당하는 기업들이 적지 않다. 한 중소기업 연구개발담당자는 "국세청이 실시하는 사후검증제도는 중소기업 경영실정을 적절하게 반영하지 못하고 있다"며 "소규모 기업의 현실에 맞는 탄력적인 제도 운영이 필요하다"고 말했다.
연구인력개발 세액공제는 R&D 투자를 지원하기 위해 운영되고 있기 때문에, 규제완화에 대한 역효과 우려도 있다. 국세청의 연구인력개발 세액공제 실태조사 결과를 보면, 허위로 연구개발비를 만들어 세액공제를 받는 경우도 적지 않기 때문이다.
이와 관련 지난 3일 국세청장과 중소기업 대표간 간담회에서 한국경영혁신중소기업협회가 제안한 개선안은 주목할 만 하다.
경영혁신중기협회는 50인 미만의 중소기업의 경우 연구인력도 제한적으로 일정한 행정업무를 함께 수행할 수 있도록 별도의 규정을 신설해 줄 것을 국세청에 요청했다.
대형 회계법인 세무본부 관계자는 "현실적으로 연구전담인력의 겸업제한 규제가 풀리는 경우 이를 역이용해 연구부서가 무력화되는 우려도 있는 것이 사실"이라며 "하지만, 지방 중소기업 등 인력운영이 쉽지 않은 경우에 한해 철저한 기록과 보고서 제출로 비연구업무에 대한 구분과 입증을 명확하게 하도록 대안을 마련한다면 충분히 유연한 적용도 가능할 것"이라고 평가했다.
