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조합원 입주권 팔 때 보유주택 확인하라

  • 2018.06.26(화) 08:00

[절세포인트]안수남 세무법인 다솔 대표세무사

김 부장이 20년 전 구입한 아파트는 최근 재건축 절차를 밟고 있다. 그는 관리처분계획인가 후 조합원 분양을 받았는데 단지에서 가장 큰 평형이 배정됐다. 하지만 추가 건축비가 만만치 않은데다 공사가 완료되고 입주하려면 3~4년이나 걸리는 점도 부담이다. 

올해 아들이 결혼하고 2년 후쯤 딸이 결혼하면 부부만 살기에는 너무 큰 평형이라서 조합원 입주권을 처분하기로 했다. 국민주택 규모 이하의 주택을 한 채 더 갖고 있긴 하지만 다행히 임대사업자 등록을 구청과 세무서에 각각 해둔 상태다. 

아직 임대기간이 3년밖에 지나지 않았지만 앞으로 5년 이상 임대할 경우 비과세를 받는 데 지장이 없다고 해서 조합원 입주권을 양도했다. 그런데 세무서로부터 장기임대주택을 보유하고 있어서 양도소득세 비과세를 받을 수 없다는 답변을 들었다. 

장기임대주택은 1세대1주택 양도세 비과세 여부를 판단할 때 주택수에서 제외된다고 했는데 어찌된 일일까. 


주택 재개발 및 재건축 사업으로 조합원 입주권을 취득한 경우 세법 규정에 요건을 갖춰서 양도하면 주택으로 취급돼 비과세를 받을 수 있다. 다만 재건축 등 조합원 입주권의 비과세 요건은 주택의 비과세 요건과 다르게 규정돼 있으니 주의가 필요하다. 

보유기간을 계산할 때 주택은 취득일로부터 양도일까지인 데 반해 조합원 입주권은 취득일로부터 관리처분계획인가일까지다. 관리처분계획인가 전에 멸실을 했다면 멸실일까지를 기준으로 삼고 관리처분계획인가 후에도 주택으로 계속 사용했다면 주택으로 사용한 기간을 보유기간에 포함한다.

비과세를 받으려면 양도일 현재 다른 주택이 없어야 한다. 다만 일시적 1세대2주택 비과세 특례가 적용되는 경우에만 예외를 인정한다. 일시적 2주택 비과세 특례는 종전주택을 취득하고 1년이 지난 다음 다른 주택을 취득하고 종전주택을 3년 이내에 양도하면서 비과세 요건을 갖추는 것을 말한다. 

주택을 양도함에 있어서 비과세 여부를 판정할 때는 상속주택이나 문화재주택, 동거봉양이나 혼인으로 인한 합가로 2주택인 경우에도 1주택으로 보아 비과세가 된다. 

하지만 국세청은 조합원 입주권 양도일 현재 일시적 1세대2주택 특례가 적용되는 경우를 제외하고는 2주택 비과세 특례대상 주택을 보유해도 비과세를 받을 수 없다는 견해를 보이고 있다. 

원래 재개발 및 재건축 사업으로 취득한 조합원 입주권에 대해서는 별도의 비과세 규정이 없었다. 권리변환일 이전에 주택으로 양도하면 비과세를 받을 수 있고 재건축이 완료돼 준공된 아파트를 양도해도 비과세를 받을 수 있다. 

그런데 재건축공사 중에 조합원 입주권만 비과세를 받을 수 없는 것은 형평성에 맞지 않다는 이유로 대법원은 조합원 입주권도 주택으로 취급해 비과세가 타당하다고 판단했다. 이후 조합원 입주권에 대한 비과세 규정이 주택과 다른 요건으로 별도로 신설된 것이다.

주택과 달리 비과세 요건을 규정하다 보니 양도일 현재 2주택 특례 등 주택에서 적용된 특례에 대해 조합원 입주권 비과세 규정에서는 준용규정을 두지 않았다. 

조합원 입주권을 양도하기 전에 주택을 취득한 경우에도 일시적 2주택 비과세 특례규정이 적용되지 않았다. 하지만 대법원이 주택과 달리 취급해서 비과세를 배제한 것은 잘못이라고 판시하자 일시적 2주택에 대해서는 비과세가 되는 것으로 관련규정이 개정됐다. 

주택을 양도하는 경우 특례가 적용되는 상속주택·문화재주택·농어촌주택·장기임대주택 등에 대해서는 조합원 입주권 비과세 규정에서 별도로 규정한 바가 없다. 

일시적 1세대2주택 규정을 별도로 두고 있지 않아 비과세를 받을 수 없다는 국세청의 유권해석에도 불구하고 대법원은 주택과의 형평성을 고려해 비과세가 타당하다는 견해에 비춰보면 주택에서 적용되는 다른 특례규정도 동일하게 적용되어야 할 것 같다.
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