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[세금줍줍] 세금계산서를 잘못 발행했다면

  • 2023.02.12(일) 08:12

사업자 간의 거래에서는 부가가치세를 포함해서 거래했다는 증빙, 즉 세금계산서를 주고받아야 하는데요. 세금계산서를 빠뜨렸거나 잘못된 세금계산서를 주고받은 경우에는 가산세를 물 수도 있습니다. 최근에는 규모가 있는 간이과세자도 세금계산서 발행의무가 생겼는데요. 관련해서 다른 사업자들은 어떤 어려움을 겪고 있는지, 국세청 문답을 모아봤습니다.
세금줍줍 /그래픽=비즈워치

질문1) 법인사업자입니다. A업체에 매출세금계산서를 발행하고 부가세 신고도 끝났습니다. 그런데 담당자 실수로 발행하지 않아도 되는 매출에 대해 세금계산서를 발행한 것을 알게 됐는데요. 기재사항을 정정하고 마이너스로 수정세금계산서를 발행하면 가산세가 붙나요?

국세상담관 : 당초 발급한 세금계산서의 기재사항을 착오로 적어서 발급한 것을 당초 작성일자로 해서 수정세금계산서를 발급하는 경우에는 부가세법 상 가산세는 발생하지 않습니다. 공급자 입장에서는 매출 감소에 해당해서 국세기본법상 가산세도 발생하지 않습니다.

다만, 거래상대방 입장에서는 매입세액이 감소하게 되어 과소신고가산세와 납부지연 가산세가 발생할 수 있습니다.

질문2) 종이 매입세금계산서를 주민번호로 발급받았는데요. 전자세금계산서의 경우 주민번호수취분 조회에서 확인이 되는데, 종이매입세금계산서는 조회가 안 되네요. 사업자를 개설해서 전환하려면 어떻게 해야 하나요?

국세상담관 : 전자세금계산서로 조회되는 내용은 전자세금계산서 발급분만 조회되고, 종이세금계산서는 조회할 수 없습니다. 사업자등록일 이전에 주민번호로 발급받은 세금계산서는 사업자등록일 이후에 사업자등록번호로 수정발급하지 않습니다.

질문3) 화물운송을 하면서 2개의 운송중개 플랫폼을 통해 일하고 있습니다. 한 쪽은 이미 전자세금계산서와 종이세금계산서를 따로 부가세 신고를 했고 카드로 납부도 했습니다. 하지만 다른 쪽 플랫폼에 대한 세금은 신고를 못했는데, 둘을 한번에 신고했어야 했다는 말을 들었습니다. 어떻게 해야 하나요?

국세상담관 : 이미 한 개 플랫폼 매출에 대해 부가세 신고를 한 상황이라면 두개의 매출을 합산해서 다시 신고해야 합니다. 합산해 신고한 부가세 납부액과 기존에 납부한 세액의 차액을 추가납부하면 될 것으로 보입니다.

질문4) A 회사에 잘못 발행한 세금계산서를 B 회사로 사업자등록번호를 바꿔서 정정신고하려고 하는데요. 기재사항 착오에 따른 정정신고는 가산세 없이 가능할까요?

국세상담관 : 세금계산서를 발급한 후 공급받는 자가 잘 못 적힌 경우에는 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이 경우 가산세를 적용하지는 않습니다. 

질문5) 2023년 이전까지는 간이과세자로 현금영수증을 발행했는데요. 2023년부터 간이과세 배제대상으로 일반과세자로 강제전환 통보를 받았습니다. 일반과세자로 전환되고 임대료를 받을 때, 현금영수증에 공급가액과 부가가치세를 구분해 발행하려고 했는데요. 일반과세자가 되면 반드시 전자세금계산서만 발행해야 하는 것인가요?

국세상담관 : 일반과세자의 경우에도 현금영수증 발행이 가능합니다.

질문6) 수정세금계산서를 발행한 후 수취사업자가 폐업했다는 사실을 알았어요. 수정세금계산서를 취소하려면 어떻게 해야 하나요?

국세상담관 : 홈택스로 전송된 자료는 취소나 삭제가 되지 않습니다. 착오나 정정사유가 발생한 경우에는 수정사유를 선택해서 수정발급해야 합니다. 거래처의 폐업일자가 지난 날짜를 작성일자로 해서 수정발급했다면, 다시 수정발급해야 합니다.

질문7) 부가세 면세대상 용역을 제공하고, 계산서가 아닌 세금계산서를 발행했습니다. 경정청구로 납부한 부가세를 환급받을 수 있나요?

국세상담관 : 면세 대상요역을 제공하고 세금계산서를 발급한 경우에는 처음에 발급한 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 수정세금계산서를 발급하고, 경정청구해서 관할 세무서로부터 인용이 된다면 부가세 환급이 가능해 보입니다. 이 경우 부가세법상 가산세나 국세기본법상 가산세는 해당하지 않을 것입니다.

※국세상담사례는 세무공무원이 관련 법령과 해석사례를 바탕으로 안내하는 것으로 질문자의 실제사례와는 맞지 않을 수 있습니다. 실무에서는 반드시 현행 법령의 내용을 확인하고, 책임 있는 세무사 등 전문가와 상담하시기 바랍니다.

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