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재건축 주택의 보유기간 계산법

  • 2018.02.20(화) 08:00

[절세포인트]안수남 세무법인 다솔 대표세무사

박회장은 30년 전 단독주택으로 지은 집이 보온도 잘 안되고 고급주택단지였던 주변이 수익형주택으로 바뀌면서 기존주택을 헐고 5년 전에 다가구주택으로 재건축했다. 

은퇴 후 임대사업을 하면서 편안하게 수익을 내고 싶었지만 현실은 이상과 달랐다. 막상 다가구주택을 관리해보니 들어오고 나가는 세입자도 많고 다양한 하자도 발생해 골치가 아팠다. 

그래서 다가구주택을 처분하고 소형아파트 5채를 구입해서 임대업을 시작했다. 실제로 해당 주택을 처분해보니 양도가액은 25억원이지만 30년을 넘게 보유한 1세대1주택이라서 장기보유특별공제를 최대 80%까지 받으면 양도소득세는 부담은 크지 않을 것으로 판단했다. 

하지만 세무서에 양도소득세를 신고하러 가보니 계산된 세액을 보고 깜짝 놀랐다. 장기보유특별공제를 재건축한 기간만 인정받으면서 당초 예상했던 공제율의 절반인 40%만 적용했기 때문이다. 

▲ 삽화/변혜준 기자 jjun009@

장기보유특별공제는 일반부동산의 경우 최대 30%까지 공제를 해 준다. 이에 반해 1세대1주택에 대해서는 최대 80%까지 공제를 받을 수 있다. 1세대1주택은 원칙적으로 비과세를 해야 하지만 종전에 거주요건을 충족하지 못해서 비과세를 받지 못하는 경우 과도한 양도세를 내야하는 문제가 있어 장기보유특별공제를 일반 부동산과 다르게 적용한 것이다. 

또한 1세대1주택이라도 9억원을 초과하는 고가주택의 경우 양도세가 부담될 수 있어서 80%까지 공제를 해 준다. 장기보유특별공제는 최대 80% 공제율을 적용하는 1세대1주택에 대해 별도로 규정하지 않고 1세대1주택 비과세 규정을 준용해서 판단하도록 규정하고 있다. 

이러한 규정 취지에 비추어 본다면 노후한 주택을 멸실하고 재건축했다면 보유기간 계산은 당연히 종전주택과 신축한 주택의 보유기간을 통산해서 계산해야 한다. 국세청은 재건축한 주택의 경우 양도하는 주택의 보유기간만 장기보유특별공제 보유기간으로 봤다. 

그러나 법원은 1세대1주택 비과세 취지에 비추어 장기보유특별공제도 종전주택의 보유기간도 기간계산에 산입해야 한다고 판단했다. 현재는 국세청도 법원의 판단에 따라 공제대상기간을 종전주택과 신축주택의 보유기간을 통산하도록 변경해서 적용하고 있다.

일시적 1세대2주택이나 상속주택, 장기임대주택 등 1세대1주택 비과세 규정에서 주택수로 추가하지 않는 주택들은 장기보유특별공제에서도 동일하게 주택수에 포함되지 않는다. 따라서 1세대1주택 비과세 규정을 그대로 적용해 최대 80%의 장기보유특별공제 대상 주택을 판정하면 된다. 

고가주택에 해당하는 재개발 또는 재건축사업의 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제도 제대로 따져봐야 한다. 종전에는 1세대1주택 비과세를 적용하는 조합원입주권에 대해 주택으로 취급해 취득일로부터 양도일까지 보유기간에 발생한 양도소득금액 전체에 대해서 장기보유특별공제를 적용했다. 

그러나 장기보유특별공제 규정에 조합원입주권에 대해서는 종전부동산에서 발생한 양도소득금액에 대해서만 장기보유특별공제를 해 준다는 규정이 신설됐다. 이후 국세청은 고가주택에 해당하는 조합원입주권에 대해 관리처분계획인가일 이후에 발생한 양도소득금액에는 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 해석을 변경했다. 

최근 대법원도 국세청의 유권해석대로 양도한 조합원입주권에서 발생한 전체 양도소득금액에 대해서 장기보유특별공제를 할 수 없고 종전부동산에서 발생한 양도소득금액에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 판결했다.

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