이동통신사들은 20년 전부터 단말기 보조금에 대한 부가가치세를 돌려달라고 요구해 왔다. 하지만 국세청은 번번이 이동통신사들의 환급 요청을 거부했고 조세심판원도 부가세 과세 처분에 문제가 없다는 입장을 보였다.
택스워치가 1998년 이후 조세심판원에 제기된 단말기 보조금 관련 부가세 심판청구 65건을 분석한 결과 기각된 사건은 60건으로 92%에 달했다. 세액의 일부를 돌려주라는 '경정' 처분은 4건, 국세청에 다시 돌려보낸 '재조사'는 1건이었다.
1998년에는 '017' 번호를 사용하던 신세기통신이 26건의 심판청구를 냈다가 모두 기각됐다. 신세기통신은 휴대폰 단말기를 일괄 구입한 다음 대리점에 저가로 판매했는데 할인액에 대해서는 부가세를 내지 않았다. 이에 대해 국세청이 부가세를 추징하자 심판청구를 냈지만 받아들여지지 않았다.
한동한 잠잠했던 이동통신사들의 부가세 과세 불복은 2010년부터 다시 활발해졌다. 케이티(KT)는 2010년부터 2011년 사이 15건의 부가세 환급 심판청구를 냈고 2013년과 2014년에도 각각 한 건씩 불복을 제기했다.
대리점에 지원한 단말기 보조금은 '에누리'라며 에누리에 대한 부가세를 돌려달라는 요청이었다. 하지만 조세심판원은 "고객에게 지급한 단말기 구입 보조금은 고객이 의무사용기간 동안 통신서비스를 이용할 것을 조건으로 한 것"이라며 "단말기 공급거래와는 별개의 보조금이니 에누리로 볼 수 없다"고 일축했다.
LG유플러스도 2013년 이후 단말기 보조금과 관련해 4건의 심판청구를 냈지만 모두 기각됐다. SK텔레콤은 2014년 5월 4건의 심판청구를 냈는데 2건은 기각, 나머지 2건은 경정 처분을 받았다. SK텔레콤의 단말기 보조금은 부가세 과세대상이 맞지만 온라인쇼핑몰을 통해 지급한 '즉시할인쿠폰'에 대해서는 부가세를 돌려주라는 결정이었다. 이후 LG유플러스와 SK텔레콤은 각각 기각된 사건에 대해 행정소송을 진행하고 있다.
심판청구에서 경정 처분이 내려진 또 다른 사건은 대리점 사업자가 고객에게 이동통신 가입비와 유심카드비, 번호이동수수료를 대신 내준 사례였다. 2004년 당시 재정경제부(현 기획재정부)가 예규를 통해 "이동통신 대리점의 할부금 대납에 대해서는 부가세 과세표준에서 차감한다"고 입장을 밝힌 데 따른 후속 결정이다. 다만 2013년 8월 기획재정부가 "단말기 관련 대납액도 부가세 과세표준에 산입한다"고 입장을 바꾼 이후 대리점 대납 과세 문제는 일단락됐다.
